玩家可以通过让宝可梦掌握冲浪技能实现在水面上的移动，这项技能是游戏中的秘传机器之一，允许角色在水域自由航行并探索隐藏区域。冲浪技能必须由已学会的宝可梦携带才能生效，它会占用一个技能槽位，但覆盖范围广泛，例如前往双子岛或海神洞窟等地点。游戏进程中有明确的获取节点，玩家需跟随剧情推进才能解锁这项能力，从而快速穿梭于水域之间。
冲浪技能通常在沙狐乐园深处的大房子中通过与特定NPC互动获得，这是游戏流程中的必经步骤，确保玩家能逐步扩展探索范围。建议将技能分配给耐久较高的宝可梦，如水箭龟或乘龙，以兼顾战斗实用性和移动功能。冲浪技能机可以无限次使用，但若遗忘需通过心之鳞片重新学习，玩家需注意合理管理技能分配以避免重复获取的麻烦。
除了冲浪，玩家在游戏后期还可以获取登瀑布技能，这是一种攀爬瀑布地形的进阶移动手段，通常在击败四天王后于四岛冰瀑洞窟深处解锁。登瀑布与冲浪技能形成互补，允许访问更多隐藏区域，但获取顺序有先后，冲浪是基础前提。这种技能组合能显著提升水上探索效率，让玩家更快到达原本难以触及的地点。
游戏内还提供了渡轮服务作为水上移动的替代方式，例如在枯叶市港口可以乘坐圣安奴号游轮来往于各岛屿之间。渡轮不仅提供便捷的跨水域旅行，还能在船上遇到训练师进行对战，有助于提升宝可梦等级。这种移动方式无需依赖技能，适合在剧情推进中快速切换探索区域。
水上移动时玩家需留意宝可梦状态，如果携带冲浪技能的宝可梦陷入濒死，系统会自动返回最后访问的宝可梦中心，影响探索连续性。水域中常分布高等级对手，建议提前强化队伍实力以应对挑战。冲浪和登瀑布技能虽可无限使用，但水上移动可能触发全队经验均分机制，导致部分宝可梦升级不均衡，需合理规划队伍配置。
